Guidée par une carte laissée par son père, disparu cinq ans plus tôt, Sky gagne le lac Michigan avec son ami Shaun, dans l'espoir de sauver l'humanité. Après avoir échappé de justesse aux dinosaures et aux soldats qui la poursuivent, la jeune fille découvre sous les eaux un secret enfoui depuis des années. Peu à peu, la nature de la mission menée par son père se dévoile