Après les combats, les joies et les larmes, le jour attendu est arrivé. Alors qu'ils jettent leurs dernières forces dans la bataille, Edward, Alphonse et leur maître Izumi Curtis sont rattrapés par leur destin.

Central City est, plus que jamais, le centre d'un obscur complot. Le colonel Mustang voit son unité démantelée tandis qu'Edward et Alphonse doivent faire face au géniteur des homonculus.

Les frères Elric et leurs camarades jettent leurs dernières forces dans la bataille pour contrecarrer les plans du père des homonculus.

Les frères Elric de retour à Central City accompagnés de Winry et de Lin, découvrent que la ville est le théâtre d'un complot terrible impliquant les plus hautes instances de l'armée. Le colonel Mustang et son équipe, au coeur de la tourmente, tentent de démêler le fil de la vérité.