Thomas sait désormais qu'il ne peut pas faire confiance à Wicked. Il s'appuie sur les Blocards, de nouveau en possession de tous leurs souvenirs, pour achever le projet de Cure.

Thomas et les autres survivants regretteraient presque la vie dans le labyrinthe. Ils avaient de la nourriture, un abri et une certaine sécurité. Or, le monde qu'ils découvrent à l'extérieur a été ravagé par l'apocalypse.

Thomas se réveille sans aucun souvenir au milieu d'un labyrinthe dont les murs se déplacent toutes les nuits. Il se rend vite compte que s'il veut s'en sortir il doit travailler avec les autres adolescents enfermés avec lui.