Shiki, Rebecca et Happy, aventuriers en herbe, se sont lancé le défi d'aller rencontrer “Mother”, la déesse du Cosmos.

Le vaisseau que Shiki a reçu de la part d'Erzy, la pirate du Cosmos, s'avère être celui sur lequel naviguait le Grand Démon Ziggy ! En tant que successeur de ce dernier, Shiki en devient l'héritier officiel.

Afin de libérer Harmit, la troisième  Étoile brillante du  Grand  Démon, l'équipage de l'Edens  Zero  fait un plongeon numérique sur  Digitalis, la planète super  virtuelle.