Les frères Elric de retour à Central City accompagnés de Winry et de Lin, découvrent que la ville est le théâtre d'un complot terrible impliquant les plus hautes instances de l'armée. Le colonel Mustang et son équipe, au coeur de la tourmente, tentent de démêler le fil de la vérité.

Edward est de retour dans son village natal de Resembool. Alors qu'il se rend au cimetière, il fait une rencontre inattendue qui va lui en apprendre plus sur la transmutation de sa mère. Pendant ce temps, à Central City, le danger est partout.

Après des retrouvailles avec son père et une découverte surprenante concernant la mort de sa mère, Edward Elric rentre à Central City. Scar, lui aussi de retour, recommence ses actes meurtriers envers les alchimistes d'Etat.

Après une lutte sans merci contre Scar dans laquelle L'innocente Winry a failli perdre la vie, les frères Elric et Lin arrivent à capturer l'homonculus nommé Guttony. Aidés du colonel Roy Mustang et du lieutenant Riza Hawkeye, ils l'emmènent hors de la ville pour l'interroger.

La lutte contre les homonculus s'intensifie. Après un combat sans merci, Edward et Lin se sont fait avaler par Gluttony. Dans son gigantesque estomac, ils découvrent de nombreux éléments concernant le complot organisé par leurs adversaires.

L'art alchimique venu de Xing semble être le seul moyen de lutter contre les homonculus et leur chef.

Edward et Alphonse Elric sont à la recherche de May Chang, une jeune fille originaire de Xing qui détient le secret de l'élixirologie. Ils ont réussi à convaincre le général de division Armstrong gardant la frontière nord du pays de les aider dans leur quête.