Lyra adore lire sur les toits de son collège d'Oxford en compagnie de son daemon Pantalaimon. Un jour, ils sauvent de justesse un daemon de sorcière attaqué par des milliers d'oiseaux. Il doit retrouver un vieil alchimiste détenant un mystérieux élixir. La nuit venue, Lyra et ses deux compagnons partent à sa recherche dans le dédale des rues de la ville.