À l'auberge tenue par ses parents, Malcolm voit passer de nombreux visiteurs. Surtout depuis l'arrivée d'une enfant, Lyra, dans le prieuré voisin. Sa présence attise la curiosité des puissants.

Lyra adore lire sur les toits de son collège d'Oxford en compagnie de son daemon Pantalaimon. Un jour, ils sauvent de justesse un daemon de sorcière attaqué par des milliers d'oiseaux. Il doit retrouver un vieil alchimiste détenant un mystérieux élixir.